1. Préambule et prérequis

NetCDF signifie "Network Common Data Form". Cette librairie permet de lire (et écrire) des fichiers de données de ce type. La distribution fournie en particulier des outils sommaires (ncdump et ncgen) ainsi que des librairires et interfaces en langage C, C++, fortran 77 et 90 pour inclure la manipulation de tels fichiers avec les codes "maison" de tout arithmurgiste.
On présume dans ce qui suit que les compilateurs gcc et g++(livrés avec Cygwin) sont installés (sinon repasser par le "setup.exe" gérant l'installation des paquetages), et qu'on ne souhaite pas utiliser 'gfortran' pour compiler le fortran, mais 'g95' (voir au besoin la page sur l'installation de g95 sous Cygwin).
On doit pouvoir choisir de ne pas installer les interfaces C++ ou Fortran (77 et/ou 90), mais je n'ai pas testé préférant construire le tout d'un coup.
Prérequis: Pour que tout se passe bien, il est nécessaire que les outils (classiques) "make", "m4", "nm", "ar", "flex", "yacc", "makeinfo" et "autoconf" soient présents.

2. Télécharger la librairie NetCDF

NetCDF est librement distribuée depuis le site de Unidata.
Récupérer la dernière version stable (4.0.1) via le lien "download the NetCDF source distribution", qui doit pointer vers un fichier "netcdf.tar.gz".

3. Procédure d'installation

Une fois la source rappatriée, la déplacer vers un répertoire approprié, décompacter puis extraire le tout:

gunzip netcdf.tar.gz
tar -xvf netcdf.tar

Entrer dans le sous-répertoire principal

cd netcdf-4.0.1

Configurer quelques variables d'environement:

export FC=g95
export FFLAGS="-cpp -O2"
export F90=g95
export FCFLAGS="-cpp -O2 -ffree-form"
export CPPFLAGS="-Df2cFortran"
export CC=gcc
export CFLAGS="-O2"
export CXX=g++
export CXXFLAGS="-O2"

Puis lancer le script "configure" en indiquant dans quel répertoire on souhaite installer la librairie (/usr/local/netcdf dans l'exemple qui suit):

./configure --prefix=/usr/local/netcdf > configure.log 2>&1

(la redirection dans un fichier configure.log est évidement optionelle, mais personnellement je préfère conserver des traces).
Puis lancer la construction de la librairie:

make > make.log 2>&1

Et une baterie de tests pour vérifier que tout c'est bien passé:

make test > make_test.log 2>&1

Penser à vérifier que ces tests n'ont pas décelé de problèmes (normalement tout devrait être OK), puis lancer l'installation proprement dite de la librairie

make install > make_install.log 2>&1

Et le répertoire d'installation se garnira alors de sous-réperoires "bin" (contient les exécutables 'nbdump', 'ncgen' ainsi que le script 'nc-config'), "include" (contient les fichiers à inclure dans les codes sources), "lib" (contient les librairies) et "share" (contient la documentation).

4. Utilisation et documentation

Une documentation très complète est disponible sur le site de Unidata. On y trouve non seulement un manuel général d'utilisation, mais également des manuels spécifiques à l'interfacage avec des programmes en langage C, C++, Fortran 77 et Fortran 90, ainsi que des exemples de programmes.